É uma entidade civil de direito privado, sem fins lucrativos, de caráter científico-educacional, socioambiental e de promoção social, com a finalidade de preservar o meio ambiente, especialmente a Amazônia.

A organização está aberta para a participação de todos os segmentos da sociedade civil, por meio de sua Diretoria, Conselho, Corpo de Voluntários, sem diferença de credo, cultura e etnia. O Cisa foi criado a partir das recomendações da Carta Compromisso com a Biosfera, aprovada no Primeiro Congresso Internacional de Ecoturismo na Amazônia, realizado em 2000.